军团旗舰是由军团生产，只能由军团持有，并可以经由军团分配给成员驾驶的特殊船型，其生产、部署、装配、登船、驾驶和跳跃的规则都和常规舰船截然不同。本文以下将着重围绕旗舰的特殊机制和特殊规则进行展开，细数玩家在驾驶旗舰前必须知道的方方面面。
部署旗舰
旗舰和常规舰船一样需要实际部署到停机坪才能驾驶出击，但因为旗舰不能进入空间站，所以在部署旗舰前玩家首先需要在主权星系中部署旗舰船坞来作为旗舰的母港。
目前游戏中的旗舰船坞分为5级，且每提高1级就会新增1个旗舰泊位，换句话说就是每个主权星系最多可以停放5艘旗舰。当军团有可使用的旗舰船坞后即可访问旗舰管理功能，其界面和个人停机坪非常类似：
同时，在旗舰船坞中部署旗舰的方法也和个人停机坪极为类似：点击空闲的泊位时会自动访问军团旗舰仓库，接着从中任选一艘旗舰即可开始旗舰的部署流程：
但这里要注意的是：旗舰的部署不是瞬间完成的，一旦部署开始旗舰就会占据对应的泊位，且旗舰的部署流程不能暂停或中止。
旗舰装配
旗舰在游戏中是非常特殊的一种舰船，其武器和装置是与舰体固定在一起的无法进行更改。所以实际玩家能装配的只有旗舰的组件，且装配的方法和常规舰船一致：
接着，虽然旗舰也有能量的概念，但实际上所有旗舰都不会自然回复能量，所以在离港前需要为它们加注能量块，否则舰上的武器和装置将无法启动：
最后，旗舰的武器不需要填装弹药，同时因为旗舰在跃迁和跳跃时是不需要消耗能量的，所以即使旗舰在战斗中耗尽了能量块也不会影响其脱离战场。
旗舰登记
作为军团的公有资产，旗舰需要玩家满足2个条件才可驾驶：首先是必须获得军团授予的旗舰驾驶员职务，否则将无法对旗舰进行登记操作。
接着，玩家还必须获得驾驶旗舰所需的驾驶资格，获取旗舰驾驶资格的途径是完成对应国家的驾驶资格审核任务，在故事任务的其他分类中可以找到这些任务：
在完成上述准备工作后，进入旗舰管理功能，然后找到军团为自己准备好的旗舰就能执行旗舰登记操作了：
在登记完成后，旗舰驾驶员就会与其登记的旗舰绑定。旗舰同时只能对应登记1名驾驶员，且这个登记关系只有驾驶员自己和旗舰管理员才能取消。
旗舰登船
要驾驶旗舰离港，旗舰驾驶员必须首先驾船前往旗舰船坞所在地。找到自己所登记的旗舰最快的方法就是点击旗舰登记面板右侧的“立刻前往”按钮，接着选择任意舰船出击。
当抵达旗舰船坞后，在总览第二页选中旗舰船坞，然后点击屏幕右侧的交互按钮即可登上自己所登记的旗舰：
在登舰流程完成后玩家驾驶的舰船会变成旗舰，而其之前所驾驶的舰船则会在归还旗舰之后再归还给玩家。
归还旗舰
归还旗舰的基本逻辑和旗舰登船是一样的：抵达旗舰船坞→交互旗舰船坞→更换驾驶舰船。但在实际游戏中，这本该非常简单的归还逻辑却还有一些特殊的变化：
旗舰驾驶员可以在任意属于本军团的旗舰船坞归还旗舰，但此行为会导致旗舰在母港重新部署从而在一段时间内无法再次出击;
若旗舰的母港已被摧毁或被回收，则旗舰驾驶员可以在其他属于本军团的旗舰船坞归还旗舰，归还时旗舰会被收回军团仓库;
旗舰驾驶员若驾驶旗舰在太空中下线超过48小时，则旗舰会被系统收回军团仓库，之后驾驶员再上线时会自动换回常规舰船;
若军团的所有旗舰船坞均被击毁，则玩家可以通过下线操作立刻将旗舰收回军团仓库，其之后再上线时就会自动换回常规舰船：
星系跳跃
旗舰无法通过星门，所以旗舰在游戏中进行星际旅行的方法是使用自己的跳跃引擎进行单体星系跳跃，其功能入口位于屏幕的右下角：
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跳跃星图和普通星域星图最大的区别是玩家会在星图上看到一个圆，这个圆就是旗舰的跳跃范围：旗舰可以跳跃到这个圆所覆盖到的任意星系，但若星系内没有正在启动中的跳跃通道的话，则只能抵达恒星系内的随机位置：
换句话说就是：旗舰有精确和非精确两种进入恒星系的方式，但精确跳跃仅当目标星系中存在启动中的跳跃通道时才能启用。当使用非精确星系跳跃时，旗舰进入的场景会在总览第三页中对全星系玩家公开。
旗舰的星系跳跃虽然强大但却无法连续使用，每当旗舰通过星系跳跃抵达新星系时它就会暂时失去移动、跃迁和跳跃能力，且旗舰跳跃的距离越远，其航行系统恢复所需的时间就越长：
最后，星系跳跃也并非是旗舰的专利，借助两个跳跃通道就可以实现让常规舰队也使用星系跳跃，且跳跃的操作方法和旗舰基本类似。
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