分子模拟器是一款功能强大的安卓应用，它专为科研人员和化学爱好者设计，提供了图形显示、分子建模、分子对接和分子动力学模拟等综合性功能。这款软件由奥地利的elmar krieger在1993年开发，其名称yasara来源于“yet another scientific artificial reality application”的缩写，寓意科学与艺术的完美结合。yasara不仅具有艺术级别的显示界面，其内核还采用了高效的pvl框架，使得软件能够处理大量蛋白结构并进行交互式的分子模拟操作。
软件优化
1. 高性能内核：yasara采用了pvl框架，相比传统软件具有更高的性能，能够迅速打开和处理大型pdb文件，速度提升可达50倍以上。
2. 兼容性强：软件支持超过70种分子文件格式，包括常见的pdb、mol2、sdf等，以及量子化学程序的输出文件，如adf、gaussian等。
3. 用户友好界面：默认的蓝色渐变背景设计不仅增强了蛋白三维结构的层次感，还减轻了长期使用用户的视力疲劳。同时，软件支持一键切换分子显示模式，极大提高了操作效率。
操作方法
1. 分子建模：用户可以通过yasara的结构构建模块，在几秒钟内手动搭建出复杂小分子/多肽的三维结构，并利用autosmiles工具对分子结构进行初步优化。
2. 分子对接：软件支持精准分子对接、全柔性受体-配体对接以及分子对接后的构象分析，帮助用户找到配体与受体之间的最佳结合模式。
3. 数据分析：yasara可以一键分析蛋白-蛋白、蛋白-配体之间的相互作用，如氢键、疏水作用等，并计算分子表面和溶剂可及表面，展示分子空腔结构。
软件创新
1. 艺术级显示界面：yasara的显示界面设计独特，不仅美观而且实用，为用户提供了极佳的操作体验。
2. 多功能集成：软件集成了分子建模、分子对接、分子动力学模拟和虚拟筛选等多种功能，满足了科研人员在分子模拟方面的多样化需求。
3. 高效数据处理：yasara能够迅速处理大型分子结构数据，提供快速且准确的模拟结果，有助于科研人员快速推进研究进程。
用户测评
用户普遍对yasara软件表示满意，认为其界面美观、操作简便且功能强大。特别是在处理大型分子结构数据时，软件的性能表现尤为突出。同时，软件提供的多种分子模拟功能也满足了科研人员的多样化需求。不过，也有部分用户希望软件能够进一步优化用户界面和增加更多高级功能，以提升使用体验。总体来说，yasara是一款值得推荐的分子模拟软件。
